Как определить физический адрес начала heap?
Система однопоточная(ДОС), VM - kaffepc

В любом случае, средствами Java - никак. Другой вопрос - зачем? Возможно, если опишешь проблему в целом, то можно будет найти более правильное решение, чем шуршать в памяти VM.

Идея в следующем:
пусть у нас в оперативной памяти есть повреждения(например данный бит всегда 0).
сlass A{
private A a;
}
Так как в данном случае а- это по сути адрес памяти, по которому находиться объект, то
если это поле ложиться на это повреждение, то в итоге оно может указывать куда угодно.
Сама идея состояла в том, чтобы используя Faumachine(виртуальная машина с возможностью добавления повреждения), добиться например изменения аплетом полей SecurityManager.
Но проблема в том, как определить адрес начала heap, чтоб можно было ориентироваться, на какую ячейку ставить повреждение.

И хотя я все еще не очень понял в чем же заключается конечная цель, но если я правильно предполагаю, что конечная цель - это глубокое тестирование поведения системы в случае ошибок в SecurityManager'е (???!!!), то возможно проще будет заменить в виртуальной машине (в смысле JVM) стандартный SecurityManager на свою собственную имплементацию, которая будет действовать в соответствии с тестируемыми кейсами, и, например, выбрасывать какие-либо Error'ы.

Нет.
Основная цель: показать, что верификатор можно обойти, приведя несовместимые типы.